Una de las acciones efectivas por la conservación de la biodiversidad de flora en el Chocó Tropical que aplica el Jardín Botánico Padre Julio Marrero es trabajar en colaboración institucional global para asegurar la permanencia en los bosques nativos de especies como las magnolias endémicas de Ecuador que se encuentran críticamente amenazadas de desaparecer de sus ecosistemas originarios.
Desde el 2024 el JBPJM es parte de Magnolia Society International y de Global Conservation Consortia for Magnolia de Botanic Garden Conservation International como miembros activos y contando con la primera colección ex situ de magnolias tropicales registradas en estos consorcios provenientes de las reservas de conservación in situ Tesoro Escondido y Río Canandé de la Fundación Jocotoco en la provincia de Esmeraldas.
Magnolia Society International trabaja como una organización sin fines de lucro para la promoción, educación e investigación de magnolias. Global Conservation Consortia for Magnolia es liderado por el Jardín Botánico de Atlanta y tiene el objetivo de movilizar una red coordinada de instituciones y expertos para lograr estrategias de conservación.
El rol del JBPJM es de criar y aclimatar las plantas vivas provenientes de las reservas de conservación para luego reintroducirlas a sus ecosistemas nativos a la par que crear una colección de magnolias dentro del jardín botánico.